Счет-фактуру зарегистрируйте в книге покупок за тот квартал, в котором заявляете вычет, в обычном порядке (п. 2 Правил ведения книги покупок).
Если вы уже успели отчитаться за квартал, в котором оприходовали товары (работы, услуги, имущественные права), вы можете подать уточненную декларацию за этот период, включив в нее показатели опоздавшего счета-фактуры (п. 1 ст. 81 НК РФ). В этом случае зарегистрируйте счет-фактуру в дополнительном листе книги покупок за этот квартал (п. п. 2, 4 Правил ведения книги покупок).
Если счет-фактура получен после истечения срока подачи декларации, принимайте НДС к вычету в любом квартале начиная с того, в котором получили счет-фактуру, в течение трех лет после принятия товаров (работ, услуг, имущественных прав) к учету (п. 1.1 ст. 172 НК РФ).
Счет-фактуру зарегистрируйте в книге покупок за квартал, в котором вы будете принимать НДС к вычету, в обычном порядке (п. 2 Правил ведения книги покупок).
Подборка документов, которые содержат ответ на вопрос, из Информационного Банка:
«Бухгалтерская пресса и книги»
Готовое решение: Когда применяется вычет НДС по счету-фактуре за прошлый период, полученному с опозданием (КонсультантПлюс, 2021)
Статья: Когда первичка "припозднилась" ("Практическая бухгалтерия", 2021, N 11)